Les premières traces existantes de La Roche-sur-Yon datent du X e siècle. La ville fut une ancienne seigneurie appartenant aux Beauvau, puis aux Bourbon à partir du XV e siècle. La Roche-sur-Yon devint une principauté-pairie en passant aux Bourbon-Montpensier , puis aux Orléans . La ville revint à la Couronne de France sous Louis XV.
Le château de la ville, construit à un endroit stratégique de la vallée de l'Yon, fut assiégé et repris aux Anglais par Olivier de Clisson lors de la guerre de Cent-Ans . Il fut en partie détruit lors des Guerres de religion qui secouèrent le Poitou , et finalement incendié au cours des guerres de Vendée.
En 1793 , le Nord de la Vendée se révolte contre la République . La Roche-sur-Yon reste républicaine, mais le 14 mars 1793 les insurgés vendéens prennent la ville. Après les Guerres de Vendée et le passage des colonnes républicaines(colonnes infernales), la ville n'était plus qu'un petit bourg en grande partie détruit. Le 25 mai 1804 (5 prairial de l'an XII), Napoléon I er , alors premier consul, prit la décision de transférer la préfecture de la Vendée de Fontenay-le-Comte à la Roche-sur-Yon où il fit bâtir une ville nouvelle apte à accueillir 15 000 habitants. Cette nouvelle ville devait devenir une place forte et permettre de pacifier la Vendée . Un plan en damier fut donc adopté avec en son centre une grande place d'armes (l'actuelle place Napoléon). La ville prit alors le nom de « Napoléon ». La population de la ville était alors essentiellement composée de militaires en garnison et de fonctionnaires.
Le 8 août 1808, face à la lenteur des travaux de construction de « sa » ville, Napoléon I er s'y rend et devant les travaux dira : « J'ai répandu l'or à pleines mains pour édifier des palais, vous avez construit une ville de boue » (car Emmanuel Crétet , son ministre de l'intérieur et directeur des Ponts et Chaussées, avait décidé sans son avis de la faire reconstruire par Conterot premier spécialiste du pisé ).
Certains travaux seront finis après la chute du premier Empire , comme l' Église Saint-Louis , commandée en 1804 et terminée en 1829.
La ville s'est développée petit à petit, jusqu'à atteindre les limites du territoire de la commune.
La ville s'est appelée successivement :
La ville fête en 2004 le bicentenaire de sa fondation par Napoléon Bonaparte .
